Nace tras querer tener un representante del fútbol competitivo para la región tras el extinto Región de Atacama, cuadro también representativo de Copiapó, equipo que descendió a Tercera División en 1998, tras una seguidilla de malas administraciones que lo llevaron a la quiebra. El 9 de marzo de 1999, se constituyó la primera Sociedad anónima Deportiva del país, llamándose Club de Deportes Copiapó S.A., cuyo primer presidente fue don Ítalo González. El equipo participaría en la Tercera División de Chile de ese mismo año.

Fue un permanente animador de la competencia de Tercera División de Chile donde llegó a disputar tres finales de manera consecutiva: 2000, 2001 y 2002 (con Unión La Calera, Lota Schwager y Malleco Unido respectivamente).

Las primeras dos finales terminaron en derrota, pero finalmente la tercera final fue favorable para Deportes Copiapó que definieron con Malleco Unido y lo doblegó con una histórica goleada (7-1) jugada el día 18 de diciembre de 2002 en la comuna de Puente Alto con goles de David Cubillos, triplete de Jorge Lagunas, Doblete de Francisco Moscoso y Marco Álvarez al mando del DT Gerardo Silva, consagrándose así merecidamente como el campeón de la Tercera división chilena y logrando con esto el ansiado ingreso a la Primera División B del fútbol chileno, participando por primera vez en ella desde el año 2003.

Su debut el profesionalismo no pudo ser mejor ya que debuta en la temporada 2003 con una goleada 0-5 a domicilio a Deportes La Serena en el Estadio «La Portada» obteniendo hasta el día de hoy el reconocimiento de ser el mejor debut de un club proveniente del fútbol amateur. Al finalizar la temporada inaugural el balance es bastante positivo ya que logra una destacada campaña para ser su primer año en el fútbol profesional y jugando con básicamente el mismo plantel campeón de Tercera División el año anterior.